FFmpeg delete one audio track

Для того, чтобы из видео контейнера удалить одну конкретную аудио-дорожку, а остальное оставить без изменений, можно воспользоваться командой:

Удаление третьей аудио-дорожки

ffmpeg -i input -map 0 -map -0:a:2 -c copy output

• -map 0 selects all streams from the input.
• -map -0:a:2 then deselects audio stream 3. The stream index starts counting from 0, so audio stream 10 would be 0:a:9.

Данную информацию и многое другое можно получить вот тут: [1]